شهدت مؤسسة الضمير لرعاية الأسير وحقوق الإنسان عبر جهدها وعملها المستمّر في الدفاع عن حقوق الأسرى والأسيرات الدور التكامليّ لدور النظام القضائي العسكريّ الاسرائيليّ في الحفاظ على إقامة نظام فصل العنصريّ. شهد أسرى محررون، وأسرى سابقون، ومحاميهم مجموعة واسعة من خروقات المحاكمة العادلة أمام المحاكم العسكرية الإسرائيليّة، تسعى السلطات العسكريّة الإسرائيليّة من خلال هذه الأفعال الى فرض سيطرة على الأراضي الفلسطينيّة، وقمع أيّ شكل من أشكال المقاومة الفلسطينيّة لسياسات الاحتلال، بحيث تُثني الشعب عن حقّه في تقرير المصير.